Le fait d’apporter de l’oxygène par séquences permet de limiter le développement des mauvaises odeurs.
L’inconvénient de cette technique est que les séquences qui durent de 4h00 à 8h00 selon les modèles, laissent quand même le temps aux mauvaises odeurs de partiellement se développer.
De plus, ces odeurs sont expulsées du dispositif à chaque fin de séquence et se retrouvent dans l’environnement immédiat de l’installation.

Leur conception plus récente que les filtres à sable leur permet d’être beaucoup plus compacts, et donc de consommer moins de place dans les terrains.
L’inconvénient concernant la production de mauvaises odeurs reste le même que pour les filtres à sable classique.

La technologie dite des « cultures fixées » permet d’injecter une quantité importante d’air dans le système, mais seulement dans le compartiment situé après la fosse toutes eaux.
La fosse toutes eaux garde donc tout son potentiel de production de mauvaises odeurs. Il faut noter cependant que la production de gaz malodorants est quand même diminuée par la recirculation des boues traitées qui sont réinjectées via la recirculation dans la partie fosse toutes eaux.
Ces boues traitées riches en oxygène permettent une légère baisse de production des gaz produits.

Malgré les efforts réalisés pour atténuer les risques de dégagement de mauvaises odeurs, le système classique fosse toutes eaux avec filtre à sable ne peut pas fonctionner sans en produire. C’est le résultat d’un choix de conception de dispositifs d’assainissement non collectif issus des années 1950.
La seule solution pour ces dispositifs est de dégager les gaz désagréables en les diluant dans l’atmosphère à l’aide de la ventilation secondaire installée sur le toit de l’habitation.